Gracias a todos por vuestros comentarios, ánimos, felicitaciones...
Ahora seguiré contando mi transición para que mi experiencia sirva a otros, como la vuestra me está sirviendo a mí.
Ahora que han pasado casi dos días llega la hora de las conclusiones. Antes, cuando corría un 10.000 por asfalto en mis tiempos discretos (entre 50' y 1h), las consecuencias eran:
- Isquiotibiales de la pierna izquierda: contracturados como una semanita.
Rodilla derecha: dolor difuso. Habitualmente me duele, más si no hago ejercicio, y después de este tipo de carrera me molestaba más de lo habitual.
Ligera hinchazón en tobillo derecho, reminiscencias de una lesión.
Después de correr en Aranjuez:
- Plantas bastante bien, se notan pero no molestan ni de lejos, sin ampollas o abrasiones.
Área del metatarso, dolorida, pero no más que tras una sesión cortita, o sea, igual que cualquier otro día (y con el tiempo va siendo cada vez menos).
Sóleos cargados
Ni rastro de sobrecarga en isquiotibiales
La rodilla ni se ha inmutado, y también es verdad que desde que corro descalzo me molesta menos en el día a día.
El tobillo, bien, gracias 
En resumen me encuentro mucho mejor y los sóleos es normal que se me hayan cargado pues en los entrenamientos no estaba rodando más de 7 km y también terminaban un poco cansados.
Empece esta transición el día 9 de julio de 2012 y a día de hoy (casi 6 meses después) soy capaz de igualar lo que hacía con amortiguadas, padeciendo además menos molestias y achaques. Se podría decir que he acabado la transición, pero no me lo voy a creer ni de lejos. Aunque estoy seguro de que correr totalmente descalzo me ha ayudado a adaptarme a la técnica más rápidamente. Hace casi seis meses que no me calzo para salir a correr, con lluvia o frío incluso, y me encanta. Pero siento que todo el cuerpo sigue adaptándose cada día mejor y aún tardará un poco en optimizarse. Cuando esto suceda creo que se traducirá en una mejora del rendimiento (¿y más felicidad aún? ¡Vivan las endorfinas!). Aunque eso no me preocupa porque con las sesiones que hago ahora soy feliz y de momento el cuerpo no me pide más, ni kilómetros ni velocidad.
Saludos.